Misotillverkning är en gammal tradition där kunskap och teknik kombineras med respekt och förståelse för produktens kvalitet.
Först steget: koji.
Vitt eller delvis polerat ris eller korn blötläggs, ångkokas och ympas med Asperillus oryzae. Sedan det har svalnat till kroppstemperatur skall det stå i ca två dygn. Då växer svamparna och bildar enzymer, som spjälkar protein, fett och stärkelse till enklare och mer fermenterbar sammansättning.
Andra steget: blanda med sojabönor och salt.
Efter två dagar kokas blötlagda sojabönor tills de är mjuka varefter de mosas tillsammans med salt och koji. Saltmängden varierar från 6% till 15% beroende på vilken typ av miso man vill ha.
Tredje steget: jäsning.
Blandningen läggs i ektunnor eller keramikbehållare och får jäsa allt från några veckor upp till flera år. Under jäsningsprocessen spjälkar enzymerna innehållet till enkla sockerarter och aminosyror. Under processen bildas också mjölksyra. Den höga salthalten förhindrar utvecklingen av oönskade bakterier under jäsningen. Vätskan som stiger till ytan separeras och används som tamari, som är en slags sojasås.